La famosa Toccata y Fuga BWV 656, escrita  entre los años 1703-7, presenta características de las primeras obras de J.S. Bach. Si bien está escrita en Re menor,  en su manuscrito no se  indican alteraciones en la armadura (modo  Re dórico).

Este detalle  representa uno de los ejemplos típicos de  la transición entre el sistema tonal antiguo y la tonalidad bimodal en la cual la  falta de alguna alteración en  la armadura se suple con la indicación de  alteraciones accidentales en las notas a lo largo de toda la pieza.

La toccata exhibe las características típicas del Estylus phantasticus siguiendo así  la línea trazada por los antepasados de Bach: Frescobaldi, Froberger y Buxtehude. Su  carácter rapsódico ya se observa en sus primeros compases con   cierta libertad de interpretación, cercana a la improvisación.  que incluye combinaciones extremadas  en el tratamiento  de varios  parámetros musicales:

- Respecto al tempo, el Adagio del inicio contrasta con el Prestissimo del cuarto compás.

-Se contrapone el ritmo de fusas inicial con el ritmo de negras del final del segundo compás.

- Contrasta el carácter disonante del acorde de séptima disminuida del final del compás 2 con su resolución: el acorde de tónica con tercera de picardía.

- El órgano recorre, en los dos primeros compases, todos los registros posibles de agudo a grave culminando con la pedal de dominante.

En el siguiente video se puede escuchar la toccata:

La Fuga, a 4 voces, tiene una estructura ternaria:

- La primera sección mentiene las normas tradicionales de la Fuga con la estrada de las 4 voces  exponiendo el Sujeto y la Respuesta, acompañados por dos Contrasujetos. Las entradas 3 y 4 se retrasan a causa de la interpolación de 2 Episodios que forman progresiones con el material melódico y rítmico de sujeto y los contrasujetos. Cabe destacar la excepcionalidad de la Respuesta, en las  entradas 2 y 4,  que imita al sujeto a la cuarta justa ascendente (Repuesta plagal).

- En la segunda sección los episodios son más extensos y variados, y el rigor de la textura contrapuntística se sustituye, en ocasiones, por pasajes de mayor libertad.

- La tercera sección se divide en dos subsecciones. La primera representa un retorno a la tonalidad principal. En la segunda se recupera la libertad y estilo de la toccata recordando sus ritmos y diseños melódicos, todos ellos expuestos con ritmo continuo de fusas (tetracordos, bordaduras y arpegios).